בבסיס החזון של יד הרב ניסים, להוביל דרך, להעניק כלים , להפיץ תורה וידע, להיות "עוגן ומשכן לחיבור" מתוך מורשתו הרוחנית של הרב זצ"ל במגוון נושאי היהדות בהם הטביע חותם עמוק ,הם הבסיס לפעילות "מרכז מורשתו".

מאז שנת תשמ"ג עוסק היד בהפצת ערכי אחדות בעם ישראל, חיזוק הקשר בין עם ישראל לתורת ישראל, טיפוח שותפות ומכנה משותף בעם ישראל, עיגון ערכי השוויון והצדק החברתי מתוך המקורות ומסורת ישראל.

תוך ראיית אתגרי העתיד, יד הרב ניסים הינו מוסד עצמאי בלתי תלוי, ללא השתייכות, מגזרית, פוליטית, מפלגתית שמפיץ את מורשתו של הרב ניסים באמצעות יד הרב ניסים הפועלת במגוון דרכים וערוצים, באמצעות הכשרת דיינים ורבני ערים, מכון מחקר, הוצאה לאור של ספרים נדירים וחדשים, גיבוש קהילת מתפללים ע"פ דרכו בבית כנסת, סדנאות, הרצאות, ימי עיון, פרסומים ועוד.