ידועה לכל שאיפתו של הרב ניסים זצ"ל שהייתה להביא לידי מיזוג גלויות אמיתי. במשך כל שנות כהונתו כראשון לציון הבליט הרב תפיסה זו באופן ממלכתי. ארץ-ישראל קיבצה את בניה לתוכה מכל הגלויות, והם כעת חיים יחד בארץ מכורתם. אשכנזים, ספרדים, תימנים – על כולם לתרום את חלקם למיזוג אמיתי למען היותנו 'גוי אחד בארץ'. אחד המקומות בהם מתבטאת חלוקה זו היא בית-הכנסת: כל עדה ונוסחה, כל שבט ומנהגיו.
הרב זצ"ל הקים עוד בימיו מודל של מנין בו נשמעת רינתם ותפילתם המשותפת של עדות ישראל בצוותא בלא לאבד מצביונה של כל עדה בישראל. ואכן עם הקמת ה-'יד' נרתמנו גם למשימה חשובה זו ובאחד האגפים של הבניין הקמנו לתפארה מקדש מעט שכולו הוד והדר בו מתקיימת תפילה מידי יום ביומו בשבתות ובמועדי ישראל. פוקדים אותו עשרות רבות של תושבי הסביבה, אנשים נשים וטף מכל עדות ישראל, ותפילתם המשותפת נעימה ומקרבת לבבות.
אלה מתבשמים מאלה, ואנו מקווים כי בית הכנסת ישמש מודל וחיקוי לנוסח תפילה אחיד ואמיתי, ולא ירחק היום ויוקמו רבים כמתכונתו.
נוסח התפילות: בית הכנסת מאופיין בתפילות נוסח ספרדי-ירושלמי בהתאם לסגנונו של הרב יצחק ניסים.
מנחה של שבת כשעה וחצי לפני יציאת השבת.
כשעתיים לפני תפילת מנחה: שיעור לנערים בסוגיות הלכתיות מפי הרב יהונתן חן.
כשעה לפני מנחה: שיעור בגמ׳ – הרב יהונתן חן. לאחר מנחה סעודה שלישית בלוויית פיוטים ודברי תורה, וערבית.
תפילות החגים נערכות בהתאם ללוחות הזמנים המפורסמים על ידי הרבנות.
אירועים מיוחדים סביב חגי ישראל:
לקראת החגים נערכים ועד בית הכנסת והמתפללים למגוון אירועים ופעילויות צדקה.
יום הכיפורים: תפילות מרוממות בבית הכנסת שביד הרב ניסים, בנוסח ספרדי ירושלמי.
סוכות: הקמת סוכה מוארת בה מתארחים אנשי הקהילה.
שמחת תורה: הקפות ראשונות בשמחה וברוב עם בבית הכנסת בקהילה.
פורים: קריאת מגילה בערב ולמחרת. מסיבת פורים וארגון מתנות לאביונים.
פסח: מבצעי קמחא דפסחא קהילתיים.
