הספרייה הנמצאת ביד הרב ניסים כוללת למעלה מעשרת אלפים כותרים, ובהם ספרים תורניים ומחקריים רבים. יש בספרייה כתבים ממגוון רחב של תחומים בהגות היהודית: הלכה וקבלה, תשובות ופסקים, חידושי הש"ס, מוסר ופילוסופיה. הספרייה מיוחדת בכך שיש בה גם ריכוז נדיר של ספרים שחיברו חכמי ישראל למן המאה השש עשרה ואילך, רבים מהם במהדורות ראשונות. נוסף לכך, מצויים בספרייה גם כתבים רבים מארכיונו האישי של הרב יצחק נסים.

הרב יצחק ניסים זצ"ל היה רוכש ספרים וכתבי יד עתיקים, ובהם עסק יומם ולילה, עד שביתו נהיה בית ועד לחכמים. בעמל של שנים רבות דאג הרב לגאול ספרים וכתבי יד עתיקים מפרטים או מקהילות שנכחדו, ולא חסך מהונו הפרטי כדי שספרים אלו ישוקמו וישוכנו אחר כבוד בביתו. עם פטירתו, ובמסגרת הקמת 'יד הרב נסים', הוחלט לשכנם בספריית היד.