הרב יצחק ניסים, היה ללא חת ולכן הוא קם והשמיע את דעתו בכל ענין שנראה לו שהסמכות הרוחנית צריכה לומר את דברה. אופיו האמיץ וסלידתו מן החנופה סייעו לו להנהיג את הרבנות בתקופה של זעזועים קשים.

עמדו לו לכך גם כושר ההתמצאות המהירה ופקחותו המעשית, זו שאינה מסיחה את הדעת מן האפשרויות השונות העשויות להיווצר. מכאן מובן מדוע תכניותיו היו ערוכות לכל פרטיהן.

הרב שאף להגיע אל העם, אל כל חלקיו ולכן יצא לסיורים בקיבוצים החל משנת 1956 (תשט"ז) וביקורים בערים, ובמיוחד במועצות פועלים שבהם. לא כנביא מוכיח בשער, מייסר וצולף הופיע הרב נסים. הוא חיפש דרך לפרוץ את הדימוי של עולם רבני אלטיסטי ולהגיע אל הדור הצעיר שצמח במדינה ובקיבוץ, במיוחד כשבחינוכו הועמדו הדת והאמונה בצורה מטעה. הרב לא התייאש, ובדבריו המכובדים והנעימים שכנע אנשי הקיבוצים להכניס יותר ממסורת העם היהודי לתוך חיי היום יום שלהם.
בתוקף רב נלחם לביטול מחיצות עדתיות ואחרות; ביתו שימש מקום מפגש לכל החוגים, אנשי ציבור ומפלגה, מלומדים ואנשי כלכלה, דיפלומטים וראשי קהילות מן הגולה. בדרך זו זכה לתרום רבות לליבונן של בעיות יסוד חשובות. דבריו נאמרו בלשון קצרה וברורה, ורעיונותיו הובעו בבהירות.ונבנו גשרים בין אנשי דת ומדע וביניהם לבין אנשי צבור וחברה ונוצרה הידברות מועילה ופוריה.

הרב זצ"ל, טרם מלחמת ששת הימים לא חדל להתריע על כך שאין רגל יהודי בירושלים העתיקה, ואין גישה לכותל-המערבי ולמקומות הקדושים. אפילו בנאום הכתרתו הוא הביע את צערו שלא יכל להתפלל ליד הכותל, כמנהג רבנים ראשיים קודמים ביום הכתרתם:
"אותה השתפכות – הלב ואותה השראה הייתה מלווה את הרב במשך כל ימי כהונתו, והיא אינה אפשרית אלא ליד הכותל שלט זזה ממנו השכינה, ושלצערנו ולהוותינו אין אנו יכולים לעלות ולהיראות בו. אבל תפילתי ותפילת כל ישראל, שבעזרת ה' לא ירחק היום ומקומות אלה יחזרו לידינו ושם נעלה וניראה לפני ה' לשפוך שיח ותפילה כאשר עם לבבנו."
זיכנו ה' וראה בירושלים שחוברה לה יחדיו, ולאחר מלחמת ששת הימים עשה מעשה גדול, בהעבירו את בית-הדין הגדול, שהיה נשיאו, לבניין של נוכח הכותל הדרומי הסמוך ללשכת הגזית, שהייתה מקום מושב הסנהדרין.