יד הרב נסים משמש בין השאר גם כבית למחקר תורני והוצאה לאור של יצירות מופת מארון הספרים היהודי, ובאופן מיוחד – מורשת חכמי ספרד בדורות האחרונים, וכן בית לכתיבה תורנית, למחקר וליצירה עכשווית.

הרב יצחק נסים זצ"ל אסף וקיבץ לבית גנזיו כתבי יד חשובים, וכל מעייניו היו להוציאם לאור, מהם בפירוש המקרא, התלמוד, בהלכה ובמחשבת ישראל.

עמותת 'מרכז מורשת הרב נסים' נטלה על עצמה להמשיך במפעלו ולהוציא כתבי יד בצורה מדעית עם מבואות והערות מחכימות. את המכון הקים לפני 30 שנה פרופסור מאיר בניהו ז"ל, בנו של הרב, ועד כה הופיעו בו כשמונים וחמישה ספרים במהדורה מדוייקת וקפדנית. מכון המחקר מלווה את הכותבים, מקבל את כתבי היד, עורך הגהות, עימוד, עיצוב, הדפסה, שיווק והפצה.